Nace el 25 de febrero de 1.778 en el pueblo de Yapeyú, situado a orillas del caudaloso río Uruguay, que dependía del Virreinato del Río de la Plata. Su padre, don Juan de San Marín, había nacido en España y se desempeñaba como teniente gobernador del departamento. Su madre, Doña Gregoria Matorras, era sobrina de un conquistador del Chaco. San Martín tuvo cuatro hermanos mayores: María Elena, Manuel Tadeo, Juan Fermín Rafael y Justo Rufino. En 1781 su familia se trasladó a Buenos Aires. Vivieron en una casa en la calle Piedras, entre Moreno y Belgrano.

En 1786 se traslada junto con sus padres a España, donde ingresó al Seminario de Nobles de Madrid. En 1789 comienza su carrera militar en el regimiento de Murcia. Luchó en la campaña de África combatiendo en Melilla y Orán. En 1797 es ascendido a subteniente por sus acciones frente a los franceses en los Pirineos.

En 1797 su regimiento, que había participado en las batallas navales contra la flota inglesa en el Mediterráneo, se rindió en agosto de 1798.

En 1808 las tropas de Napoleón invaden la Península y el rey Fernando VII es hecho prisionero. Estalla la rebelión contra el Emperador y su Hermano José Bonaparte, que había sido proclamado Rey de España. Se establece una Junta de Gobierno que actúa primero en Sevilla y luego en Cádiz. San Martín es ascendido por la Junta al cargo de ayudante 1° del regimiento de Voluntarios de Campo Mayor.

Distinguido por sus acciones contra los franceses, llega luego a ser capitán del regimiento de Borbón. El ejercito ataca a los franceses y los vence en la batalla de Baylén, el 19 de julio de 1808; allí se destaca San Martín. Esta victoria permite al ejército de Andalucía recuperar Madrid y es la primera derrota importante de las tropas de Napoleón.

San Martín recibe el grado de teniente coronel y es condecorado con una medalla de oro. Continua luchando contra los franceses en el ejército de los aliados: España, Portugal e Inglaterra. Combate a las órdenes del general Beresford en la batalla de Albuera. Conoce a Lord Macduff, noble escocés, que lo introduce a las logias secretas que complotaban por la independencia de América del Sur. Por su intermedio obtuvo un pasaporte para viajar a Inglaterra, donde se encontró en 1811 con compatriotas de América española: Alvear, Zapiola, Andrés Bello, Tomás Guido, entre otros. Todos formaban parte de una logia que había fundado el "Precursor", Miranda, quien, junto con Bolívar, ya luchaba en América por la independencia de Venezuela.

El 9 de marzo de 1812 llegó a Buenos Aires para ponerse a las órdenes del gobierno, pocos días de su arribo, le fue reconocido el grado de teniente coronel y el Triunvirato le encomendó la creación de un escuadrón, que luego fue el célebre regimiento de Granaderos a Caballo. Durante el año 1812 se ocupó de instruir a la tropa en las modernas técnicas de combate que conocía por su extensa actuación europea contra los ejércitos de Napoleón.

Además, se ocupó de organizar una sociedad secreta que se denominó la Logia de Lautaro —este era el nombre de un caudillo araucano que defendió la libertad de su pueblo a los comienzos de la conquista española—. La sociedad estaba formada como las logias masónicas de Cádiz y de Londres, similar a la que en Venezuela tenía como miembros a Miranda, Bolívar y Andrés Bello. Su objetivo era: "trabajar con sistema y plan en la independencia de la América y su felicidad". Sus miembros principales, además de San Martín eran: Alvear, Zapiola, Bernardo Monteagudo, Juan Martín de Pueyrredón. El 12 de septiembre de 1812 se casa con María de los Remedios de Escalada, mujer joven y bella, que pertenecía a una de las distinguidas familias del país.

En octubre de 1812, cuando llega la noticia de la victoria del ejército de Belgrano en Tucumán, se produce en Buenos Aires un movimiento preparado por la Logia con el objeto de imponer a sus candidatos en el Triunvirato. Con la presión de los cuerpos armados y del pueblo, se nombra el Segundo Triunvirato constituido por: Juan José Paso, Nicolás Rodríguez Peña y Antonio Álvarez Jonte.

En enero de 1813 se consolidan las posiciones militares: el general José Rondeau estrecha el sitio de Montevideo mientras en Buenos Aires, el domingo 31 de enero se reúne la Asamblea General Constituyente, conocida en la historia con el nombre de Asamblea del año 13, aunque se reunió durante varios años más. Casi todos los miembros de la Asamblea eran de la Logia de Lautaro. Se aprueban importantes reformas legales: El nombre del rey de España desaparece de los documentos públicos; la Asamblea se declara soberana; se eliminan los escudos de armas y los títulos de nobleza; Se aprueban los colores de la bandera de Belgrano, el escudo nacional, el himno; se elimina la Inquisición y se queman los instrumentos de tortura; se defiende la libertad de imprenta; se pone límite a la esclavitud decretando la “libertad de vientres”

El 29 de enero de 1814 San Martín asumió el mando del Ejército del Norte (que dirigía Manuel Belgrano). El 10 de agosto de ese año se convirtió en Gobernador intendente de Cuyo. Cuando asumió el cargo, el Cabildo mendocino le ofreció una casa que el Libertador no aceptó, pero además, decidió cobrar sólo la mitad del sueldo asignado. En 1816 se aprobó su plan para liberar Chile y Perú.

El 11 de febrero de 1824 el Libertador se embarcó a Europa para asegurarle una buena educación a su hija. Allí, siguió trabajando para asegurar la Independencia. El 23 de abril llegó al puerto francés de El Havre. Su presencia despertó sospechas: sus papeles fueron incautados y revisados por sus antecedentes revolucionarios. Pero sus documentos le fueron devueltos. El 4 de mayo se embarcó con su hija a Inglaterra. Poco después se radicó en Bruselas.

En 1825 escribió las famosas Máximas para su hija. En 1844 redactó su testamento en París. En 1846 ofreció sus servicios a Rosas. Dos años después, se trasladó a Boulogne-sur-Mer.

El 17 de agosto de 1850 falleció en Boulogne-sur-Mer. Sus restos fueron repatriados en 1880 y, actualmente, descansan en un mausoleo contruido dentro de la Catedral porteña.

En casi todas las localidades argentinas hay una plaza, una calle, una escuela o un club con el nombre de San Martín. Y, en muchas, hay monumentos en su nombre (incluso, en 1951 fue inaugurada una estatua de él en el Central Park de Nueva York). Su imagen también está en billetes, monedas y estampillas.

Las guerras de Independencia permitieron el ascenso y el liderazgo de militares de experiencia. Los tres principales Libertadores de América fueron Simón Bolívar, José de San Martín y Antonio José de Sucre. Desde sus controvertidos finales tuvieron rasgos de coincidencia: San Martín murió en el exilio, Bolívar no pudo concretar su Gran Colombia y Sucre murió asesinado.